Pessoal, os erros foram corrigidos:
Para corrigir o erra da base excluída de IPI aplicamos a nota: 1949799 - NFe-In: IPI base for IPI rate with 0%
Para corrigir o problema do PIS/COFINS aplicamos a nota: 1843823 - Integration of flexible PIS/COFINS base into NF-e In. Autom.
att,
Igor de Oliveira